「補助金が採択されました」。そう連絡が来たとき、多くの方が次にすることは、制作会社に「お願いします」と伝えることだと思います。ですが、その一言が、いちばん高くつく失敗になることがあります。

先に結論をお伝えします。持続化補助金は、採択されただけでは、まだ何も発注できません。発注していいのは「交付決定」という次の通知が届いてからです。そして補助金は、実績報告という報告を出して、事務局に認められた分だけが、あとから振り込まれます。認められるかどうかを決めるのは、あなたの熱意ではなく、手元に残っている書類です。

この記事では、ホームページを補助金で作る場合にしぼって、①発注していいのはいつからか ②公募要領が求める7つの流れと、残す書類7点 ③ホームページだけにある落とし穴 ④支払い方のルール ⑤制作会社に先に頼んでおくこと ⑥渡したあとも5年続くこと、を順にご案内します。専門用語は、出てくるたびにふつうの言葉に置き換えます。

なお、そもそも補助金の対象になるのか、いつ申請するのか、という手前の話はホームページ制作に補助金は使える?に、申請書そのものの書き方は持続化補助金の記入例にまとめています。この記事は、その2本の続き——「採択されたあと」の話です。

この記事の内容は2026年9月時点のもので、小規模事業者持続化補助金<一般型 通常枠>第20回公募の公募要領(第8版・2026年7月21日)の記載にもとづいています。金額・期限・条件は公募回ごとに変わります。実際に申請・報告をされるときは、必ずご自身が申請する回の公募要領と「補助事業の手引き」でご確認ください。判断に迷う点は、地域の商工会議所・商工会か補助金事務局が正式な窓口です。また、税務上の取り扱いについては税理士にご相談ください。

01採択された。でも、まだ1円も動かせません

公募要領に書かれている流れは、こうなっています。申請 → 採択 → 見積書等の提出 → 交付決定 → 補助事業の実施 → 実績報告書の提出 → 補助金額の確定 → 補助金の請求 → 補助金の交付 → 事業効果報告書の提出。

長いのですが、見ていただきたいのは「採択」と「交付決定」が別々に並んでいることです。公募要領には、交付決定通知書に記載の交付決定日から補助事業を開始できます、と書かれています。ここが、発注していいという合図です。

そして、補助対象として認められない経費の一覧には、「交付決定前に発注・契約、購入、支払い(前払い含む)等を実施したもの」とはっきり書かれています。採択の連絡がうれしくて、その日のうちに制作会社へ発注してしまう。気持ちはとてもよく分かるのですが、この場合その費用は原則として対象外になります。そして、これは後から取り返せません。

時間の感覚もお伝えしておきます。第20回は、申請受付が2026年11月5日から12月15日17時まで(商工会議所・商工会に出してもらう事業支援計画書=様式4の発行受付締切は12月4日)。採択発表は2027年3月頃の予定とされ、交付決定は採択発表から概ね1〜2か月かかる場合があると注記されています。つまり、いまホームページを作ろうと決めても、正式に発注できるのは1年近く先になる、ということです。

採択は、入金の約束ではなく、進めてよいという許可です。お金が動くのは、ずっと後です。

ですから、判断としては2つに分かれます。補助金を待って、そのスケジュールで進めるか。あるいは、待たずに先に始めて、集客の受け皿を先に持つか。どちらが正しいということはありません。ただ、「補助金が出るから」を理由に、本当は今すぐ必要なものを1年待つのは、もったいないことがあります。逆に、大きな金額の投資を予定しているなら、待つ価値は十分にあります。

02公募要領が求める「7つの流れ」=残す書類7点

実績報告でいちばん多いつまずきは、金額でも内容でもなく、証拠が揃っていないことです。第20回公募要領は、電子商取引について説明するところで、補助金で求められる流れを「仕様提示、見積、発注、納品、検収、請求、支払」と名指ししています。この7つが、そのまま残すべき書類7点にあたります。

そして、補助対象として認められない経費には「必要な経理書類(見積書・請求書・領収書等)を用意できないもの」、さらに「事業実施内容の確認のために必要な証憑(成果物の写真、業務完了報告書等)を用意できないもの」が挙げられています。書類がないと、実際に支払っていても認められないことがある、ということです。

ホームページ制作を補助金で行うときに残す7つの書類を、仕様提示・見積・発注・納品・検収・請求・支払の順に並べた図。交付決定より前に発注すると対象外になることを示している 公募要領が名指しする流れ。この順番どおりに、日付が前後しない形で書類を残します この線より前に発注・契約・支払いをすると、原則として対象外 交付決定通知書に書かれた「交付決定日」から、はじめて補助事業を開始できます 1 仕様提示 何を作るかの 依頼内容の控え 2 見積 見積書 内訳つきで 3 発注 発注書・契約書 交付決定日以降 4 納品 納品書 言わないと出ません 5 検収 検収書 受け取った側が出す 6 請求 請求書 見積と金額が合うこと 7 支払 振込明細・通帳 銀行振込が原則 + ホームページの場合は、もう1つ 「作った」だけでは足りません。補助事業の期間内に公開して、販路開拓の取組を始めたことが分かる記録 (公開後の画面、公開した日付、実績報告で入力するホームページのURLなど)を残しておきます。
図1:残す書類7点と、その前提になる交付決定。条件は第20回公募要領(第8版・2026年9月時点)にもとづきます。回ごとに変わるため、申請する回の公募要領で必ずご確認ください。

この7つを、日付の順番が前後しないようにそろえるのがコツです。見積書の日付が発注書より後になっている、支払いだけ先に済んでいる——こうした前後の乱れは、書類を並べればすぐ分かります。そのつど、もらった紙をクリアファイルに入れていく。それだけで、あとの作業がまるで変わります。

あわせて、公募要領には補助事業について区分経理を行うことも書かれています。むずかしく考えなくて大丈夫です。この補助金に関わる支払いだけを、通帳や帳簿の上で見分けられるようにしておく、という意味です。専用の口座を分けるところまでは求められていませんが、支払いを1本にまとめておくと、あとで説明しやすくなります。帳簿への載せ方そのものはホームページ制作費の経理処理にまとめています。

03ホームページだけの落とし穴——「作った」では足りない

ここが、この記事でいちばんお伝えしたいところです。ホームページには、ほかの経費にはない条件があります。

第20回公募要領の、ウェブサイト関連費で対象とならない経費の例に、こう書かれています。「補助事業期間内に運用に至らなかったホームページ・ランディングページ」。

さらに、経費全般の留意事項のところでは、もっと具体的な例が挙げられています。ホームページで受注システムを作成したものの、補助事業終了までにホームページにて公開して販路開拓の取組を行っていない場合も、当該経費は補助対象外となります、と。

つまり、納品されただけでは足りません。期間内に公開して、実際にお客様を集める取組を始めるところまでが求められています。制作が終わったのが期限のぎりぎりで、公開は来月にしよう——これが、いちばん惜しい形です。

ここから逆算すると、スケジュールの立て方が変わります。「納品日」ではなく「公開日」を期限から逆算する。そして公開したら、その日のうちに公開後の画面と日付を残しておく。実績報告では、ホームページやECサイトを作成・改修した場合に、そのURLを入力する欄が用意されています。画面の記録は、あとから撮り直せません。

もうひとつ、金額の話も先にお伝えしておきます。第20回では、ウェブサイト関連費のみによる申請はできません(必ずほかの経費と一緒に申請します)。またこの費目の補助金交付申請額の上限は30万円(税込)とされています。「ホームページだけを補助金で作る」ことはできない、という前提でご計画ください。この条件は回によって変わりますので、詳しくは補助金は使える?の記事と、申請する回の公募要領をご確認ください。

04支払い方には、決まったルールがあります

意外に見落とされるのが、ここです。同じ金額を同じ相手に払っていても、払い方が違うと対象外になることがあります。第20回公募要領の記載を、表にまとめました。

払い方公募要領の記載(第20回)実務での考え方
銀行振込補助対象経費の支払方法は銀行振込が大原則これが基本。通帳と振込明細がそのまま証拠になります
現金1取引10万円超(税抜き)の現金支払は認められない(旅費や現金決済のみの取引を除く)ホームページ制作費はまず超えます。現金は使わない
クレジットカード申請する事業者の名義で、補助事業期間内に引き落としが完了していること払った日ではなく引き落とし日で見ます。期限ぎわは危険
個人名義のカード代表者や従業員の個人カードは立替払いとなり、帳簿等で確認できない場合は対象外事業用の口座から振り込むほうが確実です
小切手・手形・相殺自社振出・他社振出にかかわらず不可。相殺による決済も認められない売掛金と相殺して精算、はできません
分割払い・リボ払い金融機関等からの引き落としが補助事業期間内に完了していることが必要期間をまたぐ支払い方は避けるのが安全

もうひとつ、金額が大きくなるときの話です。公募要領には、発注総額が1件あたり50万円超(税込)になるものは、2者以上から見積を取り、より安価な発注先を選ぶと書かれています。見積を取ることが困難な場合の手続き(理由書の提出)も定められていますので、1社に決め打ちする前に、この金額を超えるかどうかだけは先に確認しておいてください。

それから、地味ですが効いてくるのが振込手数料です。公募要領では、金融機関などへの振込手数料は補助対象外の経費に挙げられています。金額としては小さいのですが、請求額と振込額がぴったり一致しない原因になりますので、どちらが手数料を負担するかを発注のときに決めておくと、あとの説明が楽になります。

05制作会社に、先に頼んでおく5つ

ここからは、制作を受ける側の立場から書きます。上に挙げた書類は、黙っていても全部そろうわけではありません。ふだんの取引では、見積書と請求書だけで完結することが多いからです。納品書も検収書も、言われなければ作らない会社が少なくありません。悪気があるのではなく、必要とされていないだけです。

ですから、最初のやり取りで「補助金を使います」と伝えてしまうのがいちばん早いです。そのうえで、次の5つをお願いしてください。

  1. 見積書は、内訳の分かる形で出してもらう
    公募要領には、内訳が不明な経費(諸経費など)は対象として認められない経費に挙げられています。「ホームページ制作一式 ◯◯円」という書き方は、金額の中身が読み取れません。トップページ、下層ページ、スマートフォン対応、お問い合わせフォーム、写真撮影——このくらいの単位で行を分けて、それぞれに金額を入れてもらいます。制作会社にとっては難しい作業ではありませんので、遠慮せずにお願いしてください。あわせて、発注総額が1件あたり50万円超(税込)になりそうなら、相見積が必要になることも先に伝えておくと、話が早く進みます。
  2. 発注書・契約書の日付を、交付決定日より後にしてもらう
    これが最重要です。交付決定より前の発注・契約は、原則として対象外だからです。見積をもらった段階で気持ちが固まっても、「正式な発注は交付決定が出てからにします」と口頭でも伝えておいてください。ここを曖昧にしたまま制作会社が善意で先に着手してしまうと、後戻りできません。逆に、事前の打ち合わせや、どんなサイトにするかの相談そのものは、日付のある発注ではありませんので、交付決定を待つあいだに進めておけます。準備は前倒し、発注だけは後。この形が理想です。
  3. 納品書と検収書を出す・受け取る段取りを決めておく
    納品書は制作会社から出してもらうもの、検収書は受け取った側(あなた)が「たしかに受け取りました」と示すものです。どちらも、ふだんの取引では省かれがちです。「補助金の実績報告で必要なので、納品書をください。検収書はこちらから出します」と伝えておけば、たいていはその場で決まります。書式にこだわる必要はありません。日付・相手先・何を納めたか・金額が分かれば十分です。判断に迷う場合は、事務局が示す様式や手引きに合わせてください。
  4. 公開日を、期限から逆算して決める
    03章のとおり、ホームページは期間内に公開して運用を始めるところまでが求められます。ですから、打ち合わせの最初に「◯月◯日までに公開したい」と伝えてください。制作会社は、そこから逆算して原稿と写真の締切を決められます。実際にいちばん時間がかかるのは、制作ではなく、お店側で用意する原稿と写真です。ここが遅れると公開日が押します。公開したら、その日のうちに画面の記録を残し、URLを控えておきます。
  5. 支払いは、事業用の口座から銀行振込で
    04章の表のとおりです。迷ったら銀行振込。これで支払いの証拠がいちばんきれいに残ります。制作会社側に、請求書の宛名を申請した事業者名と一致させてもらうことも忘れずに。屋号で申請しているのに請求書が代表者個人宛になっている、といったズレは、後から直すのに手間がかかります。振込手数料をどちらが持つかも、このときに決めておきます。

この5つを最初に伝えておくだけで、実績報告のときに集める書類は、ほぼ自動的にそろいます。あとから「あの書類ください」と連絡して回るのと、最初に一度伝えておくのとでは、かかる労力がまるで違います。

06渡したあとも、5年続きます

公開して、実績報告を出して、補助金が振り込まれた。ここで終わりだと思われることが多いのですが、公募要領には、そのあとの義務も書かれています。

ホームページを公開してから、実績報告、補助金の確定と請求、入金、1年後の事業効果報告、5年間の書類保存と処分制限までを時間軸で並べた図 入金は終わりではありません。報告と保存の義務が、そのあとも続きます 公開・運用開始 期間内に ここまで終える 実績報告書の提出 経理書類を添えて 期日を過ぎると取消 確定 → 請求 → 入金 認められた分だけ 後から振り込まれます 1年後・事業効果報告 終了から1年後の 状況を報告します 5年 保存・処分制限 帳簿・証拠書類の保存 補助事業の終了日の属する年度の終了後 5年間、いつでも見せられるように保存。 事務局・中小機構・会計検査院から 求めがあれば応じる義務があります。 50万円(税抜)以上のサイトは 「処分制限財産」に当たり、通常は取得日から 5年間、廃棄・譲渡・目的外の使用に 事務局の承認が要ることがあります。 ※目的達成に必要な改良・機能強化は該当しません
図2:入金のあとに続く義務。第20回公募要領(第8版・2026年9月時点)の記載にもとづきます。期日や条件は回ごとに変わるため、申請する回の公募要領でご確認ください。

まず事業効果報告(正式には「事業効果および賃金引上げ等状況報告」といいます)。補助事業の終了から1年後の状況について、報告書を提出することが求められています。この提出は、次に同じ補助金へ申請するときの要件にもなっていますので、忘れずに。

次に書類の保存。補助事業に関係する帳簿と証拠書類は、補助事業の終了日の属する年度の終了後5年間、事務局や中小企業基盤整備機構、会計検査院からの求めがあったときに、いつでも見せられるように保存しておくこととされています。実績報告が済んだからといって、捨ててはいけないということです。

そして処分制限。ウェブサイトやシステムを50万円(税抜き)以上で作成・更新した場合、それは処分制限財産に当たり、補助金の支払を受けたあとであっても、通常は取得日から5年間、廃棄・譲渡・目的外の使用などに事務局の承認が必要になることがあります。ただし、目的を果たすために必要な改良や機能強化は、この「処分」には当たらないとも明記されています。育てていくための更新は問題になりにくく、閉じる・置き換える・目的の違う使い方に変える、というときに確認が要る、という整理です。

Qよくあるご質問

採択されたら、補助金は必ずもらえますか?

いいえ、そうとは限りません。第20回公募要領には、実績報告のときに要件を満たしていると認められない場合、交付決定通知書に書かれた金額より少なくなること、交付決定そのものが取り消される場合があること、が明記されています。また、決められた期日までに実績報告書等の提出が確認できなかった場合も、交付決定を取り消すと書かれています。つまり採択は「この計画で進めてよい」という許可であって、入金の約束ではありません。ここが、多くの方が思っているのと違うところだと思います。もっとも、これは脅しの話ではなく、順番どおりに進めて書類を残しておけば済む話でもあります。この記事の02章の7つの流れと、04章の支払い方のルールを守っていれば、実務上つまずくところは大きく減ります。逆に、交付決定より前に発注してしまった、支払いを現金でしてしまった、といった後から直せないつまずきが、いちばん惜しい形です。なお、条件は公募回ごとに変わりますので、ご自身が申請する回の公募要領で必ずご確認ください。

見積書に「ホームページ制作一式」と書かれています。このままで大丈夫ですか?

内訳を出してもらうことをおすすめします。第20回公募要領では、内訳が不明な経費(諸経費など)は補助対象として認められない経費に挙げられています。「一式」という書き方は、金額の中身が読み取れないため、確認に時間がかかったり、説明を求められたりすることがあります。制作会社にとっては、内訳を書くこと自体は難しい作業ではありません。トップページ、下層ページ、スマートフォン対応、お問い合わせフォーム、写真撮影、といった単位で行を分けて、それぞれに金額を入れてもらってください。「補助金に使うので、内訳の分かる見積書をお願いします」と最初に伝えるだけで、たいていは対応してもらえます。あわせて、発注総額が1件あたり50万円超(税込)になる場合は、2者以上から見積を取って、より安価な発注先を選ぶことが求められています(第20回・2026年9月時点)。見積を取ることが困難な場合の手続きも公募要領に定められていますので、該当しそうなときは早めに商工会議所・商工会か事務局にご相談ください。

ホームページの制作費を、クレジットカードで払ってもいいですか?

条件つきで認められています。第20回公募要領では、補助対象経費の支払方法は銀行振込が大原則とされています。そのうえでクレジット払いについては、申請する事業者の名義であること、そして補助事業期間内に支出が完了していること、つまり金融機関等からの引き落としが補助事業期間内に終わっていることが条件と書かれています。ここで気をつけたいのは引き落としの日です。カードで払った日ではなく、口座から実際に引き落とされた日で見られますので、期間の終わりぎわに支払うと、引き落としが期間の外に出てしまうことがあります。分割払いやリボ払いも同じ考え方です。また、代表者や従業員が個人のクレジットカードで支払った場合は立替払いとして扱われ、帳簿等で確認できない場合は対象外になると書かれています。迷うくらいなら、事業用の口座から銀行振込にしてしまうのがいちばん確実です。そのほうが、通帳や振込明細がそのまま支払いの証拠になります。

補助金で作ったホームページは、あとから自由に作り直せますか?

金額によっては、制限がかかります。第20回公募要領では、ウェブサイトおよびシステムを50万円(税抜き)以上の費用で作成・更新した場合、それは処分制限財産に当たり、補助事業が終わって補助金の支払を受けたあとであっても、通常は取得日から5年間、処分が制限されることがあると書かれています。ここでいう処分とは、補助事業の目的以外での使用、譲渡、担保に入れること、廃棄などです。処分制限の期間内にこれをする場合は、必ず事務局に承認を申請して、承認を受けてからでないとできません。承認を得ずに処分すると、交付の取消や返還命令の対象になると明記されています。ただし、補助事業の目的を果たすために必要なホームページの改良や機能強化は、事前承認が必要な処分には当たらないとも書かれています。つまり、良くしていくための更新は問題になりにくく、閉じる・別のものに置き換える・目的の違う使い方に変える、といった話のときに確認が要る、という整理です。判断に迷ったら、自己判断で動かす前に事務局へお問い合わせください。

まとめ

持ち帰っていただきたいのは3つです。①採択は入金の約束ではなく、進めてよいという許可。発注していいのは交付決定が出てから ②実績報告で見られるのは熱意ではなく書類。仕様提示・見積・発注・納品・検収・請求・支払の7つを、日付が前後しない形でそろえる ③ホームページは「作った」では足りない。期間内に公開して、運用を始めるところまでが求められる。

そして、この記事でいちばんお伝えしたかったのは05章です。書類は、あとから集めるものではなく、最初のやり取りで「補助金を使います」と伝えておけば、勝手にそろっていくものです。制作会社は断ったりしません。ただ、言われないと作らないだけです。

最後に、今日できることをひとつだけ。クリアファイルを1枚、用意してください。補助金に関わる紙は、そこにだけ入れる。見積書も、振込の控えも、公開した日のメモも。これだけで、半年後のご自分がずいぶん助かります。

私たちは、ホームページ制作を税別50,000円(税込55,000円)でお引き受けしています。この金額の場合、ウェブサイト関連費は単独では申請できませんので、補助金を前提にせず、いま必要なら先に始めるという考え方もできる価格にしています。もちろん、補助金で進めたい方には、内訳の分かる見積書・納品書・公開日の記録まで、報告に必要な形でお出しします。どちらが向いているかを一緒に考えるところから、無料相談で対応しています。売り込みはしません。

※ 本記事は2026年9月時点で公開されている小規模事業者持続化補助金<一般型 通常枠>第20回公募 公募要領(第8版・2026年7月21日)の記載をもとに、一般的な考え方を整理したものです。補助上限・補助率・費目ごとの上限・各種期限・要件は、公募回ごとに変わります。また、個別の事情によって取り扱いが異なる場合があります。実際の申請・報告にあたっては、必ずご自身が申請する回の公募要領および「補助事業の手引き」をご確認のうえ、地域の商工会議所・商工会または補助金事務局にご相談ください。税務上の取り扱いについては税理士にご相談ください。本記事は、採択や補助金の交付、集客の結果をお約束するものではありません。

xFactory 編集部
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